멸종위기종으로 보호받고 있는 고래의 수난은 여기에 그치지 않고 계속된다. 불법포획에 그치지 않고, 조업 중 각종 어구에 혼획되거나 좌초․표류한 고래도 지난 10년간 상당하다. 지난 2001년 이후 올 8월말까지 전국 해역에서 그물 등에 혼획되거나 좌초되어 잡힌 고래가 5,200마리에 달한다. 고래가 가장 많이 혼획․좌초된 곳은 ▲ 경북지역 해역으로 전체의 45.0%(2,341마리)에 달하고, ▲ 강원도가 26.7%(1,388마리), ▲ 전라남도가 10.5%(544마리)로 나타났다. 매년 증가추세를 보인다.

 그물 등에 혼획된 고래가 가운데 가장 많이 잡힌 어구는 ▲ 자망으로 전체의 30.1%(1,563마리)였고,

▲ 정치망 26.4%(1,371마리), ▲ 저인망류 11.6%(601마리) 순으로 나타났다. 선박 등에 좌초된 고래도 전체의 4.1%(211마리), 해안가 등에서 표류하다가 잡힌 고래도 4.8%(250마리)에 달한다.

특히, 가장 많이 혼획․좌초된 고래종류는 ▲ 참돌고래로 전체의 38.4%(1,998마리)에 달하고, ▲ 상괭이가 23.2%((1,205마리), ▲ 밍크고래 17.8%(923마리), ▲ 쇠돌고래 9.6%(501마리) 순으로 나타났다.

특이한 것은 바다가 없는 충청북도에서도 지난 2003년에 ‘상괭이’ 고래가 잡힌 것으로 나타났다.

강을 따라 내륙까지 깊숙이 거슬러 올라갔다가 혼획,좌초돼 잡혔던 것으로 추정된다.

〈 2001년 이후 지역별 고래 혼획 ․ 좌초현황 〉 (단위:마리)

	강원	경기	경남	경북	부산	울산	전남	전북	제주	충남	인천	충북	대마도	미상	계
2001	231	1	14	142	2	10	7	2	2	2	-	-	-	-	413
2002	125	-	2	131	3	8	-	-	-	13	1	-	-	-	283
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