경남도는 낙동강 녹조 발생의 근본적인 원인이 생활하수, 가축분뇨 등에 포함된 질소, 인 등 영양염류의 유입에 의한 것이라고 밝혔다.
  
여름철 발생하는 남조류가 증식, 성장하기 위해 반드시 필요한 것은 영양염류이다. 조류성장에 필요한 탄소와 질소 인의 비율은 100:16:1로 알려져 있다.

즉, 조류성장인자인 수온, 강수량, 일사량 등 모든 조건이 갖춰져 있더라도, 조류의 먹이가 되는 영양염류가 없다면 증식이 불가능하다.
  
낙동강에 유입되는 질소, 인의 주요 배출원은 생활하수, 가축분뇨 등이다. 보 설치전 창녕 남지교 기준 총 인 농도가 0.182ppm였으나, 그간 환경기초시설의 확충, 총 인 처리시설 설치 등 지속적인 수질개선 노력을 통해 2015년 기준 총 인 농도는 0.04ppm으로 크게 줄었다.
  
하지만 낙동강 총 인 농도는 경제협력개발기구(OECD) 부영양화 기준인 0.035ppm을 여전히 상회하고 있고, 특히 여름철에는 가뭄과 비점오염원 유입으로 낙동강 총 인 농도가 더 높아져 수온, 일사량 등의 조건이 맞을 경우 언제든지 녹조 발생이 가능한 상태이다.
  
최근 기온상승에 따라 여름철 수온이 1.68℃ 상승, 일사량은 28.7시간 증가하였고, 강수량은 633.8mm(5년 평균)에서 507.3mm로 126.5mm 감소하는 등 녹조 발생에 더욱 유리한 환경조건이 조성된 것으로 나타났다.
 
낙동강 녹조에 대해 막연한 불안감을 조성하는 것은 근본적인 문제해결에 도움이 되지 못한다. 녹조는 질소, 인 등 영양염류가 풍부한 상태에서 수온과 일사량 등의 조건이 맞을 경우 대량 번식을 하게 된다. 따라서 수중의 영양염류를 잘 관리하는 것이 조류의 대량 발생을 억제할 수 있는 근본적인 대책이다.
  
이에 경남도는 낙동강 녹조 문제 해결을 위해 오염물질 유입을 줄이기 위한 하수처리장 등 환경기초시설을 지속적으로 확충하고 있고, 전 시·군과 힘을 합쳐 하·폐수처리장 방류수 수질 및 낙동강 수계 오염원 단속을 강화하는 등 선제적 대응조치를 지속적으로 추진하고 있으며, 고도정수처리공정 강화 등을 통해 도민에게 안심하고 마실 수 있는 수돗물을 공급하기 위하여 최선의 노력을 다해 나갈 계획이다.